Nach der Rückkehr vom Regensburger Reichstag ist die Politik Philipps I. friedensfördernd und durchaus im Einklang mit der Kaiser Karls V., bis im Jahre 1546 der schmalkaldische Krieg ausbricht, in der Philipp und sein Vetter Kurfürst Johann Friedrich von Sachsen in der Schlacht von Mühlberg am 27.4. 1547 geschlagen werden und sich dem Kaiser ergeben müssen. Philipp geht in die niederländische Gefangenschaft, die bis zum Jahre 1552 andauert, und Johann Friedrich verliert die Kurfürstenwürde und große Teile seines Besitzes an seinen Vetter Kurfürst Moritz.